Biopolymers and cell. 2010; 26 (4): 311 - 316
Визначення ієрархії динамічних доменів у білках: порівняння методів HDWA та HCCP
С. О. Єсилевський
Мета. Існує кілька методів для визначення ієрархії динамічних доменів у білках. Мета даної роботи полягала у проведенні систематичного аналізу двох нещодавно створених методів – HCCP та HDWA – на основі тестового набору білків з різних структурних класів. Методи. Використано методи HDWA та HCCP. Перший розроблено для визначення ієрархії доменів з використанням траєкторій молекулярної динаміки, тоді як другий грунтується на нормальних коливаннях спрощеної еластичної моделі білка. Результати. Встановлено, що динамічні домени, знайдені методом HDWA, добре узгоджуються з доменами, визначеними методом HCCP та із застосуванням інших підходів. У той же час HDWA правильно визначає рухливі петлі в білках, чого важко досягти іншим способом. Висновки. Показано, що HDWA є потужним методом аналізу траєкторій молекулярної динаміки для багатодоменних білків.
Ключові слова:динамічні домени, ідентифікація доменів, HDWA, молекулярна динаміка.