Biopolymers and Cell. 2010; 26 (5): 378-383
Розробка тестів на основі алель-специфічної ПЛР для детекції розповсюджених мутацій у гені трансмебранного регуляторного білка муковісцидозу
О. О. Соловйов, В. М. Пампуха, Л. А. Лівшиць
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
Мета. Мета дослідження полягала у розробці діагностичних методик, основаних на принципі алель-специфічної ПЛР для аналізу розповсюджених мутацій в гені ТРБМ з використанням двох підходів: традиційної ПЛР з подальшим розділенням продуктів у гель-електрофорезі та з використанням ПЛР у реальному часі. Методи. Для дослідження обрано такі мутації – dF508, W1282X, R117H, 621 + 1G > T, 2143delT з частотою зустрічальності в Україні: dF508 – 43,3 %; 2143delT – 1,38 %; W1282X – 1,1 %; R117H і 621 + 1G > T – < 0,6 %. Використано контрольні зразки ДНК з відповідними мутаціями, ідентифіковані методами гетеродуплексного аналізу та ПДРФ. Результати. Проведено дизайн та оптимізовано умови алель-специфічної ампліфікації для вивчення мутацій dF508, W1282X, R117H, 621 + 1G > T, 2143delT. Розроблені методики аналізу підтверджено перевіркою контрольних зразків ДНК з мута- ціями W1282X (n = 3), R117H (n = 2), 621 + 1G > T (n = 1), 2143delT (n = 1). Щоб перевірити тест на dF508 нами проаналізовано 100 носіїв даної мутації в гетерозиготному стані та 50 – в гомозиготному. За допомогою створеної методики детекції 2143delT проаналізовано також 48 пацієнтів, хворих на муковісцидоз, у яких первинно виявлено лише по одній мутації разом з невідомим мутантним варіантом. В результаті аналізу серед них визначено ще чотири носії зазначеної делеції в гетерозиготному стані. При цьому не встановлено розбіжностей в даних, отриманих з використанням стандартних протоколів аналізу досліджених мутацій. Висновки. Показано, що метод алель-специфічної ПЛР є швидким та відносно недорогим, його можна застосовувати для детекції відомих мутацій у гені ТРБМ.
Ключові слова: алель-специфічна ПЛР, ПЛР у реальному часі, муковісцидоз, ген ТРБМ.