Biopolym. Cell. 1990; 6(6):42-48.
Метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях (програма «site» пакету «GenBee»)
- Інститут мікробіології АН СРСР
Москва, СРСР - Інститут поліомієліту та вірусних енцефалітів АМН СРСР
Московська обл., СРСР
Abstract
Запропоновано метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях, заснований на побудові частотного профілю групи вирівняних фрагментів послідовностей. На прикладі сканування банку амінокислотних послідовностей мотивом, характерним для широкого класу NTР-зв’язувальних білків, розглянуто роботу програми «SITE», написаної на основі запропонованого алгоритму. Продемонстровано переваги запропонованого підходу порівняно зі стандартними програмами пошуку патернів щодо повноти і вибірковості вилучення з банку послідовностей, які містять ділянки, подібні до розглянутого мотиву. Представлено прогнозовану ідентифікацію NTP-зв’язувальних центрів у декількох білках, де вони раніше не були виявлені. Обговорюється застосування розробленого алгоритму для класифікації банків амінокислотних послідовностей.
Повний текст: (PDF, російською)
References
[1]
Staden R. Methods to define and locate patterns of motifs in sequences. Comput Appl Biosci. 1988;4(1):53-60.
[2]
Hodgman TC. The elucidation of protein function by sequence motif analysis. Comput Appl Biosci. 1989;5(1):1-13.
[3]
Kimura M. The Neutral Theory of Molecular Evolution. Cambridge University Press, 1983; 367 p.
[4]
Walker JE, Saraste M, Runswick MJ, Gay NJ. Distantly related sequences in the alpha- and beta-subunits of ATP synthase, myosin, kinases and other ATP-requiring enzymes and a common nucleotide binding fold. EMBO J. 1982;1(8):945-51.
[5]
Gorbalenya AE, Koonin EV. Viral proteins containing the purine NTP-binding sequence pattern. Nucleic Acids Res. 1989;17(21):8413-40.
[6]
Dayhoff MO, Barker WC, Hunt LT. Establishing homologies in protein sequences. Methods Enzymol. 1983;91:524-45.
[7]
Guy B, Kieny MP, Riviere Y, Le Peuch C, Dott K, Girard M, Montagnier L, Lecocq JP. HIV F/3' orf encodes a phosphorylated GTP-binding protein resembling an oncogene product. Nature. 1987 Nov 19-25;330(6145):266-9.
[8]
Morrison PT, Lovett ST, Gilson LE, Kolodner R. Molecular analysis of the Escherichia coli recO gene. J Bacteriol. 1989;171(7):3641-9.
[9]
Fujisawa H, Yonesaki T, Minagawa T. Sequence of the T4 recombination gene, uvsX, and its comparison with that of the recA gene of Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 1985;13(20):7473-81.