Biopolym. Cell. 1990; 6(6):42-48.
Метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях (програма «site» пакету «GenBee»)
1, 2Кунін Є. В., 2Чумаков К. М., 2Горбаленя А. Є.
  1. Інститут мікробіології АН СРСР
    Москва, СРСР
  2. Інститут поліомієліту та вірусних енцефалітів АМН СРСР
    Московська обл., СРСР

Abstract

Запропоновано метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях, заснований на побудові частотного профілю групи вирівняних фрагментів послідовностей. На прикладі сканування банку амінокислотних послідовностей мотивом, характерним для широкого класу NTР-зв’язувальних білків, розглянуто роботу програми «SITE», написаної на основі запропонованого алгоритму. Продемонстровано переваги запропонованого підходу порівняно зі стандартними програмами пошуку патернів щодо повноти і вибірковості вилучення з банку послідовностей, які містять ділянки, подібні до розглянутого мотиву. Представлено прогнозовану ідентифікацію NTP-зв’язувальних центрів у декількох білках, де вони раніше не були виявлені. Обговорюється застосування розробленого алгоритму для класифікації банків амінокислотних послідовностей.

References

[1] Staden R. Methods to define and locate patterns of motifs in sequences. Comput Appl Biosci. 1988;4(1):53-60.
[2] Hodgman TC. The elucidation of protein function by sequence motif analysis. Comput Appl Biosci. 1989;5(1):1-13.
[3] Kimura M. The Neutral Theory of Molecular Evolution. Cambridge University Press, 1983; 367 p.
[4] Walker JE, Saraste M, Runswick MJ, Gay NJ. Distantly related sequences in the alpha- and beta-subunits of ATP synthase, myosin, kinases and other ATP-requiring enzymes and a common nucleotide binding fold. EMBO J. 1982;1(8):945-51.
[5] Gorbalenya AE, Koonin EV. Viral proteins containing the purine NTP-binding sequence pattern. Nucleic Acids Res. 1989;17(21):8413-40.
[6] Dayhoff MO, Barker WC, Hunt LT. Establishing homologies in protein sequences. Methods Enzymol. 1983;91:524-45.
[7] Guy B, Kieny MP, Riviere Y, Le Peuch C, Dott K, Girard M, Montagnier L, Lecocq JP. HIV F/3' orf encodes a phosphorylated GTP-binding protein resembling an oncogene product. Nature. 1987 Nov 19-25;330(6145):266-9.
[8] Morrison PT, Lovett ST, Gilson LE, Kolodner R. Molecular analysis of the Escherichia coli recO gene. J Bacteriol. 1989;171(7):3641-9.
[9] Fujisawa H, Yonesaki T, Minagawa T. Sequence of the T4 recombination gene, uvsX, and its comparison with that of the recA gene of Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 1985;13(20):7473-81.