Biopolym. Cell. 1990; 6(6):59-63.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0002A1
Комп’ютерний метод пошуку в нуклеотидних послідовностях ділянок гомології з можливими вставками/делеціями і оцінка їхньої статистичної значущості
1Шахмурадов І. А., 1Гасумов В. А.
  1. Інститут ботаніки ім. В. Л. Комарова АН Азербайджанської РСР
    Баку, СРСР

Abstract

Розроблено комп’ютерний метод, що дозволяє виявити всі ділянки гомології із заданими характеристиками (довжина ділянки, кількість розбіжностей, число і розмір делецій/вставок) в одній нуклеотидній послідовності або між двома послідовностями ДНК (РНК) і оцінити статистичну значущість знайдених гомологий. Цей метод особливо ефективний для пошуку потенційних шпилькових структур у нуклеотидних послідовностях, а також може застосовуватися при вирівнюванні двох послідовностей ДНК (РНК).
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Fitch WM. An improved method of testing for evolutionary homology. J Mol Biol. 1966;16(1):9-16.
[2] Needleman SB, Wunsch CD. A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol. 1970;48(3):443-53.
[3] de Wachter R. The number of repeats expected in random nucleic acid sequences and found in genes. J Theor Biol. 1981;91(1):71-98.
[4] Brezinski DP. Statistical significance of DNA sequence symmetries. Nature. 1975;253(5487):128-30.
[5] Day GR, Blake RD. Statistical significance of symmetrical and repetitive segments in DNA. Nucleic Acids Res. 1982;10(24):8323-39.
[6] Kolchanov NA, Solov'ev VV, Zharkikh AA. High saturation by direct copies in RNA-polymerase genes based on context analysis data. Dokl Akad Nauk SSSR. 1983;273(3):741-4.
[7] Stormo GD, Schneider TD, Gold L, Ehrenfeucht A. Use of the 'Perceptron' algorithm to distinguish translational initiation sites in E. coli. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2997-3011.
[8] Shakhmuradov IA, Kolchanov NA, Solov'ev VV, Ratner VA. Enhancer-like structures in moderately repetitive sequences of eukaryotic genomes. Genetika. 1986;22(3):357-67.