Biopolym. Cell. 2007; 23(3):167-171.
Позволяет ли неэмпирическая квантовая химия понять природу пуриново-пуриновых ошибок, допускаемых репликативной ДНК-полимеразой?
1Кочина О. С., 2, 3Юренко Е. П., 3Говорун Д. Н.
  1. Киевский национальный университет имени Тараса Шевченко
    ул. Владимирская 64, Киев, Украина, 01033
  2. Университет Пьера и Марии Кюри
    Пл. Жесьуи 4, 75005 Париж, Франция
  3. Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины
    ул. Академика Заболотного, 150, Киев, Украина, 03680

Abstract

Предложен новый подход к выяснению молекулярных механизмов ошибочного синтеза пуриново-пуриновых пар высокоточными ДНК-полимеразами, реализованный с использованием неэмпирической квантовой химии на уровне теории MP2/6-311++G(d, р)//B3LYP/6-31G(d, p).
Keywords: репликативная ДНК-полимераза, пуриново-пуриновые ошибки биосинтеза ДНК, неэмпирическая квантовая химия

References

[1] Poltev VI, Shuliupina NV, Bruskov VI. [Molecular mechanisms of nucleic acid biosynthesis validity. Comparison of results of computer modeling with experimental data]. Mol Biol (Mosk). 1998;32(2):268-76. Russian.
[2] Beard WA, Wilson SH. Structure and mechanism of DNA polymerase beta. Chem Rev. 2006; 106(2):361–82.
[3] Kunkel TA, Bebenek K. DNA replication fidelity. Annu Rev Biochem. 2000;69:497-529.
[4] Beard WA, Wilson SH. Structural insights into DNA polymerase ? fidelity: hold tight if you want it right. Chem Biol. 1998;5(1):R7–R13.
[5] Tikhomirova A, Beletskaya IV, Chalikian TV. Stability of DNA duplexes containing GG, CC, AA, and TT mismatches. Biochemistry. 2006;45(35):10563-71.
[6] Topal MD, Fresco JR. Complementary base pairing and the origin of substitution mutations. Nature. 1976;263(5575):285-9.
[7] Ahn J, Werneburg BG, Tsai MD. DNA polymerase beta: structure-fidelity relationship from Pre-steady-state kinetic analyses of all possible correct and incorrect base pairs for wild type and R283A mutant. Biochemistry. 1997;36(5):1100-7.
[8] Kretulskie AM, Spratt TE. Structure of purine-purine mispairs during misincorporation and extension by Escherichia coli DNA polymerase I. Biochemistry. 2006;45(11):3740-6.