Biopolym. Cell. 2007; 23(3):243-249.
Последовательность Шайна — Дальгарно во время инициации и элонгации трансляции
1Марашьйо Д., 1Ла Теана А., 2Вольпе П.
  1. Институт биохимии Университета Анконы
    Via Раньери, 60131 Анкона, Италия
  2. Биологическом факультете Римского университета «Тор Вергата»
    Виа делла Ricerca Scientifica 1, 00133 Рим, Италия

Abstract

Неизвестно, будут ли синтетические олигонуклеотиды Шайна-Дальгарно (SD) меченные 32P по 5'-концу ([32P]-окт) достигать анти-SD последовательности 16S рРНК на ранней стадии трансляции или только во время элонгации. Дла проверки данной гипотезы, [32P] окт инкубировали с 30S субъединицами рибосом (RSUs) и 70S рибосом и полисом, по отдельности, SD / анти-SD связывание детектировали в градиенты сахарозы. Анти-SD последовательности привело высокой доступности в 30-е RSUs и достаточно доступны в рибосомы. В обоих 30S RSUs и рибосом, добавление модель 002 мРНК в эквимолярных количеств смещены [32P] окт около 50%. Тем не менее, в рибосомах присутствие факторов инициации (МФ) и fMet-тРНК не влияют на связывание [32P] окт и не конкурируют с мРНК. В полисоме, [32P] окт не смог провести гибридизацию анти-SD последовательности, в соответствии с гипотезой, что мРНК и 16S рРНК участвуют в SD / анти-SD взаимодействие также во время элонгации.
Keywords: рибосомний синтез, мРНК/16S рРНК узнавание, формирование пептидной связи, конформация полисомы, трансляция

References

[1] Gualerzi CO, Pon CL. Initiation of mRNA translation in prokaryotes. Biochemistry. 1990;29(25):5881-9.
[2] McCarthy JE, Gualerzi C. Translational control of prokaryotic gene expression. Trends Genet. 1990;6(3):78-85.
[3] Shine J, Dalgarno L. The 3'-terminal sequence of Escherichia coli 16S ribosomal RNA: complementarity to nonsense triplets and ribosome binding sites. Proc Natl Acad Sci U S A. 1974;71(4):1342-6.
[4] Hui A, de Boer HA. Specialized ribosome system: preferential translation of a single mRNA species by a subpopulation of mutated ribosomes in Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci U S A. 1987;84(14):4762-6.
[5] Jacob WF, Santer M, Dahlberg AE. A single base change in the Shine-Dalgarno region of 16S rRNA of Escherichia coli affects translation of many proteins. Proc Natl Acad Sci U S A. 1987;84(14):4757-61.
[6] Melan?on P, Leclerc D, Destroismaisons N, Brakier-Gingras L. The anti-Shine-Dalgarno region in Escherichia coli 16S ribosomal RNA is not essential for the correct selection of translational starts. Biochemistry. 1990;29(13):3402-7.
[7] Calogero RA, Pon CL, Canonaco MA, Gualerzi CO. Selection of the mRNA translation initiation region by Escherichia coli ribosomes. Proc Natl Acad Sci U S A. 1988;85(17):6427-31.
[8] H?ttenhofer A, Noller HF. Footprinting mRNA-ribosome complexes with chemical probes. EMBO J. 1994;13(16):3892-901.
[9] Weiss RB, Dunn DM, Dahlberg AE, Atkins JF, Gesteland RF. Reading frame switch caused by base-pair formation between the 3' end of 16S rRNA and the mRNA during elongation of protein synthesis in Escherichia coli. EMBO J. 1988;7(5):1503-7.
[10] Duranti T, La Teana A, Cacciamani T, Volpe P. The prokaryotic origin of the pathways for synthesis and post-synthetic modification of deoxyribonucleic acid. RNA Biol. 2006;3(1):49-53.
[11] Godson GN. A technique of rapid lysis for the preparation of Escherichia coli polyribosomes. Methods Enzymol. 1967; 12A: 503-516.
[12] Ohsawa H, Gualerzi C. Chemical modification in situ of Escherichia coli 30 S ribosomal proteins by the site-specific reagent pyridoxal phosphate. Inactivation of the aminoacyl-tRNA and mRNA binding sites. J Biol Chem. 1983;258(1):150-6.
[13] Gualerzi CO, La Teana A, Spurio R, Canonaco MA, Severini M, Pon CL. Initiation of protein biosynthesis in prokaryotes: recognition of mRNA by ribosomes and molecular basis for the function of initiation factors. The ribosome. Structure, function and evolution. Eds W. E. Hill, A. Dahlberg, R. A. Garrett, P. B. Moore, D. Schlessingedr, J. R. Warner. Washington: DC, Am. Soc. Microbiol. Publ., 1990: 281-291.
[14] Dubendorff JW, Studier FW. Creation of a T7 autogene. Cloning and expression of the gene for bacteriophage T7 RNA polymerase under control of its cognate promoter. J Mol Biol. 1991;219(1):61-8.
[15] Sambrook J, Fritsh EF, Maniatis T. Molecular cloning. A laboratory manual. New York: Cold Spring HLQB, 1989.
[16] Maraschio D, La Teana A, Volpe P. Protein biosynthesis in prokaryotes: probing the path of the mRNA during translation. Transact Ital Biochem Soc. 1997; 9: 264.
[17] Eremenko T, Volpe P. Polysome translational state during the cell cycle. Eur J Biochem. 1975;52(2):203-10.
[18] Papaphilis AD. On the rate of ribosome translocation. Anisotropy and ribosome saturation in the polysome. J Theor Biol. 1973;38(3):613-25.