Biopolym. Cell. 2018; 34(5):400-408.
Вирусы и клетка
Молекулярно-генетический и филогенетический анализ гена гемагглютинина вирусов гриппа
1, 2Смутько О. Ю., 2Радченко Л. В., 2Фесенко А. Ю., 2Голубка О. С., 1Будзанивская И. Г., 2Мироненко А. П.
  1. Учебно-научный центр «Институт биологии и медицины»
    Киевского национального университета имени Тараса Шевченко
    ул. Владимирская, 64/13, Киев, Украина, 01601
  2. ГУ «Институт эпидемиологии и инфекционных болезней им. Л. В. Громашевского НАМН Украины»
    ул. Амосова, 5, Киев, Украина, 03038

Abstract

Цель. Провести филогенетический и молекулярно-генетический анализ генов НА вирусов грипа, которые циркулировали на территории Украины в эпидемическом сезоне 2016–2017 годов и сравнить их с теми, что циркулировали в мире. Методы. Образцы (назофаригиальные смывы от пациентов) были проанализированы методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ОТ-ПЦР). Филогенетические деревья строили в программе MEGA7. 3D структуры строили в программе Chimera 1.11.2rc. Результаты. Украинские изоляты имели замены в антигенных сайтах, возникшие в предыдущих сезонах и эпидемическом сезоне 2016–2017 годов и не выявлялись ранее, которые могут повлиять на антигенные свойства вируса. Несмотря на это, вирусы гриппа A (H3N2) и B / Victoria сохранили сходство с вакцинными штаммами. Для вирусов гриппа A (H1N1) pdm09 было показано сходство с вакцинным штаммом, рекомендованным на эпидемический сезон 2017–2018 годов. Выводы. В эпидемическом сезоне 2016–2017 годов все вирусы гриппа –A(H3N2), A(H1N1)pdm09 и B/Victoria приобрели значительное количество уникальных аминокислотных замещений в гене гемагглютинина. Результаты этого исследования подтверждают постоянную генетическую изменчивость циркулирующих вирусов сезонного гриппа и необходимость постоянного систематического антигенного и молекулярного надзора.
Keywords: вирусы гриппа, гемагглютинин, антигенный сайт, мутации.

References

[1] ECDC working group on influenza A(H1N1)v. Preliminary analysis of influenza A(H1N1)v individual and aggregated case reports from EU and EFTA countries. Euro Surveill. 2009;14(23):19238.
[2] Antón A, Pozo F, Niubó J, Casas I, Pumarola T. Influenza A(H1N1)pdm09 virus: viral characteristics and genetic evolution. Enferm Infecc Microbiol Clin. 2012;30 Suppl 4:10-7.
[3] Igarashi M, Ito K, Yoshida R, Tomabechi D, Kida H, Takada A. Predicting the antigenic structure of the pandemic (H1N1) 2009 influenza virus hemagglutinin. PLoS One. 2010;5(1):e8553.
[4] Ann J, Papenburg J, Bouhy X, Rhéaume C, Hamelin MÈ, Boivin G. Molecular and antigenic evolution of human influenza A/H3N2 viruses in Quebec, Canada, 2009-2011. J Clin Virol. 2012;53(1):88-92.
[5] Korsun N, Angelova S, Gregory V, Daniels R, Georgieva I, McCauley J. Antigenic and genetic characterization of influenza viruses circulating in Bulgaria during the 2015/2016 season. Infect Genet Evol. 2017;49:241-250.
[6] Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Mol Biol Evol. 2016;33(7):1870-4.
[7] Mironenko AP, Holubka OS, Smutro OY, Radchenko LV, Fesenko AY. The Results of the Influenza Epidemic Season in Ukraine in 2016-2017 and forecast for the next season 2017-2018. Klin Immunol Allergol Infectol. 2017; 5(102):5-8.
[8] Lee HK, Tang JW, Kong DH, Loh TP, Chiang DK, Lam TT, Koay ES. Comparison of mutation patterns in full-genome A/H3N2 influenza sequences obtained directly from clinical samples and the same samples after a single MDCK passage. PLoS One. 2013;8(11):e79252.
[9] World Health Organization. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2016 southern hemisphere influenza season. Weekly Epidemiological Record. 2015; 90,(41):545-60.
[10] Koel BF, Mögling R, Chutinimitkul S, Fraaij PL, Burke DF, van der Vliet S, de Wit E, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, Smith DJ, Fouchier RA, de Graaf M. Identification of amino acid substitutions supporting antigenic change of influenza A(H1N1)pdm09 viruses. J Virol. 2015;89(7):3763-75.
[11] Ramadhany R, Yasugi M, Nakamura S, Daidoji T, Watanabe Y, Takahashi K, Ikuta K, Nakaya T. Tropism of Pandemic 2009 H1N1 Influenza a Virus. Front Microbiol. 2012;3:128.