Конформація операторної ділянки OR3 фага λ і його фрагмента у водних і водно-трифторетанольних розчинах

Іванов, В. І.; Мінченкова, Л. Є.; Щелкина, А. К.; Чернов, Б. К.; Ярцев, А. П.; Кірпічніков, М. П.

doi:10.7124/bc.0001A3

Biopolym. Cell. 1986; 2(2):101-106.

http://dx.doi.org/10.7124/bc.0001A3

Клітинна біологія

Конформація операторної ділянки O_R3 фага λ і його фрагмента у водних і водно-трифторетанольних розчинах

1Іванов В. І., 1Мінченкова Л. Є., 1Щелкина А. К., 1Чернов Б. К., 1Ярцев А. П., 1Кірпічніков М. П.

Інститут молекулярної біології АН СРСР
Москва, СРСР

Abstract

Круговий дихроїзм (КД) використано для вивчення конформації синтетичного дезоксиолігонуклеотиду із 17 пар основ, який є оператором O_R3 фага λ, і його 9-членного фрагмента
5 'TATCCCTT | GCGGTGATA |
3 'ATAGGGAA | CGCCACTAT |
Визначено області стійкості дволанцюгового стану для цих дуплексів. Конформації коротких фрагментів ДНК у водних розчинах визначаються різними концентраціями NaCl. Показано існування їх у межах B-форми. Кооперативні зміни у спектрах КД спостерігаються в трифторетанолі (TFE) рішення з TFE концентрації типових для кожного і яке, як передбачається, пов’язане з B?A-переходом. B-форми стабілізації пари контактної бази оцінюються за допомогою теорії B?A-переходу. Кожна пара контактної бази стабілізує форму B на величину ~ 1,7 ккал/моль.

Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Ivanov VI, Minchenkova LE, Schyolkina AK, Poletayev AI. Different conformations of double-stranded nucleic acid in solution as revealed by circular dichroism. Biopolymers. 1973;12(1):89-110.

[2] Minchenkova LE, Zimmer Ch. Reversion of theB toA transition of DNA induced by specific interaction with the oligopeptide distamycin A. Biopolymers. 1980; 19(4):823-31.

[3] Ivanov VI, Krylov DYu, Minyat EE, Minchenkova LE. B-A transition in DNA. J Biomol Struct Dyn. 1983;1(2):453-60.

[4] Seth AK, Jay E. A study of the efficiency and the problem of sulfonation of several condensing reagents and their mechanisms for the chemical synthesis of deoxyoligoribonucleotides. Nucleic Acids Res. 1980;8(22):5445-59.

[5] Maxam AM, Gilbert W. A new method for sequencing DNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977;74(2):560-4.

[6] Vedenov A, Dykhne A, Frank-Kamenetskii M. The helix -coil transition in DNA. Uspekhi fizicheskikh nauk. 1971; 105(3):479-519.

[7] Malenkov G, Minchenkova L, Minyat E, Schyolkina A, Ivanov V. The nature of the B-A transition of DNA in solution. FEBS Lett. 1975;51(1):38-42.

[8] Ivanov VI, Minchenkova LE, Minyat EE, Frank-Kamenetskii MD, Schyolkina AK. The B to A transition of DNA in solution. J Mol Biol. 1974;87(4):817-33.