Biopolymers and cell. 2010; 26 (1): 36 - 44
Изменение гидратации при комплексообразовании ароматических лигандов с ДНК: моделирование методом молекулярной динамики
В. В. Костюков, Н. М. Хомутова, М. П. Евстигнеев
Цель. Исследование изменения гидратации при образовании комплексов с ДНК ароматических биологически активных соединений (БАС): антибиотиков актиномицина D, дауномицина, ногаламицина, новантрона и мутагенов бромистого этидия и профлавина. Методы. Молекулярная динамика. Результаты. Вычислены гидратационные индексы для двуспиральной ДНК и лигандов в свободном состоянии и в составе комплекса. Проведен критический анализ современных представлений об изменении водного окружения при связывании с ДНК ароматических лигандов. Выводы. Показано, что при взаимодействии ароматических БАС с ДНК происходит значительное (от 2,6 для новантрона до 13,1 для актиномицина D) высвобождение молекул воды гидратных оболочек с разрывом водородных связей.
Ключевые слова: двуспиральная ДНК, ароматический лиганд, гидратационный индекс, высвобождение воды.