Biopolymers and cell. 2010; 26 (1): 36 - 44
Зміна гiдратації при комплексоутворенні ароматичних лiгандів з ДНК: моделювання методом молекулярної динаміки
В. В. Костюков, Н. М. Хомутова, М. П. Євстигнєєв
Мета. Дослідження зміни гідратації при утворенні комплексів з ДНК ароматичних біологічно активних сполук (БАС): антибіотиків актиноміцину D, дауноміцину, ногаламіцину, новантрону і мутагенів бромистого етидію і профлавіну. Методи. Молекулярна динаміка. Результати. Обчислено гідратаційні індекси для двоспіральної ДНК і лігандів у вільному стані та у складі комплексу. Проведено критичний аналіз сучасних уявлень щодо зміни водного оточення при зв’язуванні з ДНК ароматичних лігандів. Висновки. Показано, що при взаємодії ароматичних БАС з ДНК відбувається значне (від 2,6 для новантрону до 13,1 для актиноміцину D) вивільнення молекул води гідратних оболонок з розривом водневих зв’язків.
Ключові слова: двоспіральна ДНК, ароматичний ліганд, гідратаційний індекс, вивільнення води.