Biopolymers and cell. 2010; 26 (1): 51 - 55
Применение количественной ПЦР в реальном времени для молекулярно-генетической диагностики спинальной мышечной атрофии
А. А. Соловьев, А. Б. Лившиц, С. С. Подлесная, Л. А. Лившиц
Цель. Цель работы состояла в разработке простого и надежного метода количественного анализа делеции 7-го экзона гена SMN1 с помощью ПЦР в реальном времени с интеркалирующим красителем SYBR Green, который можно использовать в тест-системах для диагностики спинальной мышечной атрофии (СМА). Методы. Для разработки метода подсчета количества копий гена SMN1 применен подход, основанный на сравнении параметров амплификации исследуемого образца ДНК и внешнего стандарта (ген альбумина). Для подтверждения разработанного метода проанализированы образцы ДНК 10 пациентов со СМА (гомозиготная делеция 7-го экзона гена SMN1), 42 контрольных образца ДНК (от 29 гетерозиготных носителей делеции 7-го экзона гена SMN1 и 13 индивидуумов без делеции), изученных методом сцепления с полиморфными микросателлитными маркерами 2AE9.1 (D5S557) и LAS96 (D5S681), а также образцы от 10 индивидуумов из контрольной популяции. Обработку результатов проводили с помощью стандартного метода Ливака (метод 2–Ct). Результаты. Среднее значение со стандартной ошибкой показателя 2–Ct для гетерозиготных носителей делеции 7-го экзона гена SMN1 составляет 0,475 ± 0,091, для нормальных контролей – 0.909 ± 0.068. Установлено отсутствие перекрывания результатов анализа для гетерозиготных носителей делеции и здоровых индивидуумов (t = 3,84, p > 0,05). Выводы. Разработанный метод может быть использован для анализа СМА в программах молекулярно-генетической диагностики, а также как компонент тест-систем для диагностики СМА.
Ключевые слова: спинальная мышечная атрофия, ген SMN1, делеция, ПЦР в реальном времени.