Biopolymers and cell. 2010; 26 (1): 51 - 55
Застосування кількісної ПЛР у реальному часі для молекулярно-генетичної діагностики спінальної м’язoвої атрофії
О. О. Соловйов, Г. Б. Лівшиць, С. С. Подлєсная, Л. А. Лівшиць
Мета. Мета роботи полягала у розробці простого і надійного методу кількісного аналізу делеції 7-го екзону гена SMN1 за допомогою ПЛР у реальному часі з барвником-інтеркалятором SYBR Green, який можна використовувати в тест-системах для діагностики спінальної м’язової атрофії (СМА). Методи. Для розробки методу визначення кількості копій гена SMN1 застосовано підхід, який базується на порівнянні параметрів ампліфікації досліджуваного зразка ДНК та зовнішнього стандарту (ген альбуміну). Для підтвердження розробленого методу проаналізовано зразки ДНК 10 паціентів із СМА (гомозиготна делеція 7-го екзону гена SMN1), 42 контрольних зразки ДНК (від 29 гетерозиготних носіїв делеції 7-го екзону гена SMN1 і 13 індивідуумів без делеціії), які вивчено методом зчеплення з поліморфними мікросателітними маркерами 2AE9.1 (D5S557) і LAS96 (D5S681), а також зразки від 10 індивідуумів з контрольної популяції. Обробку результатів проводили за допомогою стандартного методу Лівака (метод 2–Ct). Результати. Середнє значение зі стандартною похибкою показника 2–Ct для гетерозиготних носіїв делеції 7-го екзону гена SMN1 становить 0,475 ± 0,091, для нормальних контролів – 0,909 ± 0,068. Встановлено відсутність перекривання результатів аналізу для гетерозиготних носіїв делеції і нормальних контролів (t = 3,84, p > 0,05). Висновки. Розроблений метод може бути придатним для аналізу СМА у програмах молекулярно-генетичного тестування, а також як компонент тест- систем для діагностики СМА.
Ключові слова: спінальна м’язoва атрофія, ген SMN1, делеція, ПЛР у реальному часі.