Biopolym. Cell. 1996; 12(5):5-12.
Про квантовохімічну природу стереохімічної нежорсткості канонічних нуклеотидних основ
1Говорун Д. М., 1Міщук Я. Р., 1Кондратюк І. В.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Напівемпіричними квантовохімічними методами AMI та MNDO/Н в режимі оптимізації всіх структурних параметрів з нормою градієнта < 0.01 досліджено інтерконверсію канонічних нуклеотидних основ – аденіну, гуаніну і цитозину, а саме: площинну інверсію та анізотропне внутрішнє обертання аміногрупи навколо екзоциклічного зв'язку C-N, а також структурні збурення при протонуванні основ. Проаналізовано характер взаємоузгодженої релаксаційної поведінки істотних структурних параметрів, що описують конфігурацію валентних зв'язків амінного атома азоту та сусіднього з ним подвійого зв'язку C-N. Встановлено, що основним електронним чинником, котрий детермінує структурно-динамічні властивості екзоциклічної аміногрупи канонічних нуклеотидних основ, як врешті-решт і самих основ, є рπ-спряження ВЕП амінного атома азоту з π-електронною системою кільця. Поряд з ним помітну роль відіграють інші внутрішньомолекулярні взаємодії – внутрішньомолекулярні Н-зв'язки, насамперед NH...N, стеричний фактор, а також електростатичне відштовхування ВЕП сусідніх (екзоциклічного і ендоциклічного) атомів азоту. Вони спричиняють як нееквівалентність амінних зв'язків та анізотропію обертання аміногрупи навколо екзоциклічного зв'язку C-N, так і асиметричну орієнтацію аміногрупи відносно кільця, яка проявляється, зокрема, у нерівності валентних кутів H'NC і Н' 'NC та абсолютної величини двогранних кутів H'NC-N і Н'' -NC-N+180°.

References

[1] Govorun DN, Danchuk VD, Mishchuk YaR, Kondratyuk IV, Radomsky NF, Zheltovsky NV. Mirror symmetrical conformational states of canonical nucleic acid bases. Doklady Akad Nauk Ukrainy. 1992; (2):66-9.
[2] Govorun DM, Danchuk VD, Mishchuk YaR, Kondratyuk IV, Zheltovsky MV. About nonplanarity and dipole nonstability of canonical nucleotide bases methylated at the glycoside nitrogen. Dopovidi Nats Akad Nauk Ukrainy. 1995; (6):117-9.
[3] Spiridonov VP, Ishchenko AA, Zasorin EZ. Electron diffraction studies on stereochemically non-rigid molecules. Russ Chem Rev. 1978; 47(1):54–68.
[4] Govorun DM, Kondratyuk IV, Mishchuk YaR, Zheltovskyi MV. The nonequavalence of amine hydrogens in canonical nucleotide bases. Dopovidi Nats Akad Nauk Ukrainy. 1995; (8):130-2.
[5] Govorun DM, Kondratyuk IV. Anisotropic rotation of amino groups in canonical nucleotide bases. Dopovidi Nats Akad Nauk Ukrainy. 1996:(10):151-4.
[6] Romm IP, Gur'yanova EN. p?-Conjugation in aromatic compounds of group V and VI elements. Russ Chem Rev. 1986; 55 (2):83–98.
[7] Shorygin PP, Burshtein KYa. Conjugation and the periodic system of the elements. Russ Chem Rev. 1991; 60 (1):1–24.
[8] Tsvetkov EN, Bochvar DA, Kabachnik MI. Hybridization of the of a nonbonding pair of electrons and?? conjugation. Theor Exp Chem. 1969;3(1):1–3.
[9] Sadova NI, Khaikin LS, Vilkov LV. Some problems in the stereochemistry of nitrogen compounds in the gas phase. Russ Chem Rev. 1992; 61(12): 1169–93.
[10] Shustov GV, Kachanov AV, Denisenko SN, Kostyanovsky RG. Asymmetrical nitrogen. Part 76. Quantum-chemical study of geometry and cobfigural stability of keteimines. Izv Akad Nauk, Ser Khim. 1992; (11):2572-8.
[11] Krueger PJ, Smith DW. Amino group stretching vibrations in primary aliphatic amines. Can J Chem. 1967;45(14):1605–10.
[12] Radchenko ED, Plokhotnichenko AM, Ivanov AYu, Sheina GG, Blagoy YuP. Ketoenole tautomeria of guanine and isocytosine molecules. Biofizika. 1986; 31(3):373-81.
[13] Szczepaniak K, Szczesniak M, Person WB. Infrared studies and the effect of ultraviolet irradiation on the tautomers of 9-methylguanine isolated in an argon matrix. Chem Phys Lett. 1988;153(1):39–44.
[14] Govorun DM, Mischuk YaR, Kondratyuk IV, Zheltovs'kyi MV. Dynamic stereo isomerism of the Watson-Crick nucleotide bases pairs. Dopovidi Nats Akad Nauk Ukrainy. 1995;(11):121-3.
[15] Govorun DM, Kondratyuk IV, Misjichuk YaR, Zheltovsky MV. The manifestation of Jahn-Teller effect in electronic absorption spectra of nucleic acids and their constituents. Intern. scientific. Conf. "Physics and chemistry of organic phosphors": Proc. Kharkov, 1995;126.
[16] Saenger W. Principles of nucleic acid structure. New York: Springer, 1984; 556 p.
[17] Antipin MYu. Low-temperature X-ray diffraction analysis: possibilities in the solution of chemical problems. Russ Chem Rev. 1990; 59(7):607-26.
[18] Govorun DM, Mishchuk YaR, Kondratyuk IV, Zheltovsky MV. Intramolecular cooperative hydrogen bonds in nucleotide bases. Dopovidi Nats Akad Nauk Ukrainy. 1996;(8):141-4.