Biopolym. Cell. 2000; 16(1):75-81.
Методи
Взаємодія ціанінових барвників з нуклеїновими кислотами, 9. Вивчення спектральних властивостей комплексів ціанінових барвників з ДНК у присутності органічних розчинників
1Лосицький М. Ю., 1Ковальська В. Б., 1Ярмолюк С. М.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

У роботі досліджено вплив полярності середовища на спектрально-люмінесцентні властивості монометинових ціанінових барвників та їхніх комплексів з нуклеїновими кислотами. Показано, що присутність органічного розчинника у водних розчинах барвників та їхніх комплексів з ДНК призводить до суттєвого зменшення інтенсивності флюоресцещїі комплексів барвник–ДНК і до зростання інтенсивності власної флюоресценції барвників. Інтенсивність флюоресценції комп­ лексів бромистий етидій–ДНК слабо залежить від природи органічного розчинника, що може бути пояснено з урахуванням інтеркаляційного механізму взаємодії. Для ціанінових барвників, дослід­жених у роботі, ця залежність є значно сильнішою, що свідчить про значний контакт зв'язаного з ДНК барвника з оточуючим середовищем. Разом з тим взаємодія даних барвників з ДНК не виявила характерної для борозенкової взаємодії специфічності до AT-ділянок. Таким чином, припускається, що досліджені в представленій роботі ціанінові барвники взаємодіють з ДНК за механізмом «напівінтеркаляцїї».

References

[1] Rye HS, Yue S, Wemmer DE, Quesada MA, Haugland RP, Mathies RA, Glazer AN. Stable fluorescent complexes of double-stranded DNA with bis-intercalating asymmetric cyanine dyes: properties and applications. Nucleic Acids Res. 1992;20(11):2803-12.
[2] Skeidsvoll J, Ueland PM. Analysis of double-stranded DNA by capillary electrophoresis with laser-induced fluorescence detection using the monomeric dye SYBR green I. Anal Biochem. 1995;231(2):359-65.
[3] Suzuki T, Fujikura K, Higashiyama T, Takata K. DNA staining for fluorescence and laser confocal microscopy. J Histochem Cytochem. 1997;45(1):49-53.
[4] Ishchenko AA. Structure and spectral-luminescent properties of polymethyne cyanine dyes. Kyiv: Nauk. dumka 1994.170 p.
[5] Yarmoluk SM, Kovalska VB, Kovtun YuP. Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. 5. Towards model of «half intercalation of monomethyne cyanine dyes into double-stranded nucleic acids. Biopolym Cell. 1999; 15(1):75-82.
[6] Long EC, Barton JK. On demonstrating DNA intercalation. Acc Chem Res. 1990;23(9):271–3.
[7] Jacobsen JP, Pedersen JB, Hansen LF, Wemmer DE. Site selective bis-intercalation of a homodimeric thiazole orange dye in DNA oligonucleotides. Nucleic Acids Res. 1995;23(5):753-60.
[8] Rye HS, Glazer AN. Interaction of dimeric intercalating dyes with single-stranded DNA. Nucleic Acids Res. 1995;23(7):1215-22.
[9] Yarmoluk SM, Kovalska VB, Smirnova TV, Shandura MP, Kovtun YP, Matsuka GKh. Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. 2. Spectroscopic properties of methyleneoxy analogues of Thiazole Orange. Biopolym Cell. 1996; 12(6):74-81.
[10] Yarmoluk SM, Zhyvoloup AN, Koval'ska VB, Klimenko IV, Kukharenko AP, Kovtun YP, Slominsky YL. Interaction of cyanine dyes with nucleic acids. I. Studies on monomethyne cyanine dyes as possible fluorescent probes for the detection of nucleic acids. Biopolym Cell. 1996; 12(1):69-74.
[11] Lee LG, Chen CH, Chiu LA. Thiazole orange: a new dye for reticulocyte analysis. Cytometry. 1986;7(6):508-17.
[12] Waring M. Variation of the supercoils in closed circular DNA by binding of antibiotics and drugs: evidence for molecular models involving intercalation. J Mol Biol. 1970;54(2):247-79.
[13] Neidle S. DNA structure and recognition. Ed. D. Reec-wood. New York: Oxford University press, 1994. 108 p.