Biopolym. Cell. 1986; 2(2):106-111.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0001A4
Клітинна біологія
Специфічна взаємодія cro-репресора з моделями операторних ділянок. Вивчення методом кругового дихроїзму
1Кірпічніков М. П., 1Ярцев А. П., 1Мінченкова Л. Є., 1Чернов Б. К., 1Іванов В. І.
  1. Інститут молекулярної біології АН СРСР
    Москва, СРСР

Abstract

Метод кругового дихроїзму (КД) використано для вивчення взаємодії cro-репрессора фага λ з синтетичним OR3 оператором розміром 17 пар основ і його фрагментом (9 пар основ)
5'-TATCCCTT [GCGGTGATA]
3'-ATAGGGAA [CGCCACTAT]
В обох випадках додавання Cro-білка значно змінює спектри КД в області 260?300 нм. Стехіометрія визначається титруванням КД, вона була ідентична як для OR3, так і для його фрагмента: один дуплексний в cro димера. Взаємодія cro-білка з неоператорним дуплексом DNAs показує ніяких видимих змін на КД. Спектральні зміни протягом певної взаємодії істотно відрізняються від тих, для BA переходу і для скручування ДНК від B-до C-формі. Зроблено висновок про те, що зміни КД в основному викликані індукованим ефектом Tyr-26 при утворення комплексу, а ДНК ділянки зв'язування зберігається в B-формі.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Richmond TJ, Finch JT, Rushton B, Rhodes D, Klug A. Structure of the nucleosome core particle at 7 A resolution. Nature. 1984 Oct 11-17;311(5986):532-7.
[2] Frederick CA, Grable J, Melia M, Samudzi C, Jen-Jacobson L, Wang BC, Greene P, Boyer HW, Rosenberg JM. Kinked DNA in crystalline complex with EcoRI endonuclease. Nature. 1984 May 24-30;309(5966):327-31.
[3] Culard F, Maurizot JC. Lac repressor - lac operator interaction. Circular dichroism study. Nucleic Acids Res. 1981;9(19):5175-84.
[4] Altschmied L, Hillen W. TET repressor.tet operator complex formation induces conformational changes in the tet operator DNA. Nucleic Acids Res. 1984;12(4):2171-80.
[5] Martin SR, Gronenborn AM, Clore GM. Specific DNA binding of the cyclic AMP receptor protein to a synthetic oligodeoxyribonucleotide. A circular dichroism study. FEBS Lett. 1983;159(1-2):102-6.
[6] Fried MG, Wu HM, Crothers DM. CAP binding to B and Z forms of DNA. Nucleic Acids Res. 1983;11(8):2479-94.
[7] Anderson WF, Ohlendorf DH, Takeda Y, Matthews BW. Structure of the cro repressor from bacteriophage lambda and its interaction with DNA. Nature. 1981;290(5809):754-8.
[8] Ohlendorf DH, Anderson WF, Fisher RG, Takeda Y, Matthews BW. The molecular basis of DNA-protein recognition inferred from the structure of cro repressor. Nature. 1982;298(5876):718-23.
[9] Kurochkin AV, Kirpichnikov MP. Studies of the structure of bacteriophage lambda cro protein in solution. Globular structure of cro protein. FEBS Lett. 1982;150(2):411-5.
[10] Bolotina IA, Kurochkin AV, Kirpichnikov MP. Studies of the structure of bacteriophage lambda cro protein in solution. Analysis of the circular dichroism data. FEBS Lett. 1983;155(2):291-4.
[11] Buck F, Tahn KD, Zemann W et al. NMR-study of repressor-operator interactions. Proc. fifth intern, symp. metabolism and enzymology nucl. acids including gene manipulations. Bratislava, 1984:27-40.
[12] Ivanov VI, Minchenkova LE, Shchelkina AK, Chernou BK, Yartsev AP, Kirpichnikov MP. Conformation of the OR3 operator of phage and its fragment in aqueous and aqueous-trifluoroethanol solutions. Biopolym. Cell. 1986; 2(2):101-6.
[13] Kirpichnikov MP, Hahn KD, Buck F, Rüterjans H, Chernov BK, Kurochkin AV, Skryabin KG, Bayev AA. 1H NMR study of the interaction of bacteriophage lambda Cro protein with the OR3 operator. Evidence for a change of the conformation of the OR3 operator on binding. Nucleic Acids Res. 1984;12(8):3551-61.
[14] Roberts TM, Kacich R, Ptashne M. A general method for maximizing the expression of a cloned gene. Proc Natl Acad Sci U S A. 1979;76(2):760-4.
[15] Kirpichnikov MP, Kurochkin AV, Skryabin KG. Studies of the structure of bacteriophage lambda cro protein in solution. Analysis of the aromatic region of the 1H NMR spectrum. FEBS Lett. 1982;150(2):407-10.