Передумови. Антимікробна резистентність є серйозною глобальною проблемою охорони здоров'я, що щорічно призводить до понад 1,27 мільйона смертей. Особи з імунодефіцитом, включаючи тих, хто проходить хіміотерапію або трансплантацію органів, особливо вразливі. У цих популяціях інфекції, отримані в лікарнях, спричинені мультирезистентними бактеріями, часто прогресують до сепсису з показниками смертності до 70%. Швидка молекулярна діагностика є необхідною для ефективного управління інфекціями та рекомендацій щодо лікування в цих групах. Методи. Профілювання мікробіоми кишечника у 24 пацієнтів-онкогематологів проводилося за допомогою секвенування генів 16S рРНК за допомогою Ion AmpliSeq Pan-Bacterial Panel, Ion Chef та секвенатора Ion S5 Plus. Результати були проаналізовані за допомогою програмного забезпечення Torrent Suite. Генотипування АБР проводилося за допомогою панелі резистентності до лікарських засобів iAMP, що охоплює 24 гени АБР у 8 категоріях антибіотиків. Отримано етичне підтвердження та інформовану згоду. Результати. Секвенування виявило 334 різні мікробні таксони. Патогени ESKAPEE були поширеними: Escherichia coli було виявлено у 69,6% зразків, Klebsiella pneumoniae — у 43,5%, а види Enterobacter — у 39,1%. 39 видів були класифіковані як потенційні опортуністичні патогени, включаючи Clostridium perfringens. 28 таксонів, таких як Blautia, Bifidobacterium, Faecalibacterium prausnitzii та Roseburia, були пов'язані з сприятливими результатами, зокрема зниженням захворюваності на хворобу трансплантат проти хазяїна (GvHD) та збільшенням часу виживання після трансплантації. Аналіз AMP показав, що всі зразки містили гени резистентності до сульфаналімів (SUL1/2/3), що становить 75% — резистентність до макролідів, 46% — бета-лактамазу розширеного спектра CTX-M бета-лактамази, а 25% — пов'язану з MRSA MecA. Гени карбапенемази (NDM/VIM/IMP та KPC/OXA-48) були виявлені у 8% зразків, що свідчить про наявність механізмів резистентності останньої інстанції. Висновки. Поєднання аналізу мікробіоми 16S рРНК із виявленням патогенів і генів резистентності забезпечує швидкий і комплексний підхід до оцінки ризику інфекції в онкології та трансплантаційних популяціях. Ця стратегія сприяє прискореному прийняттю клінічних рішень поряд із традиційними мікробіологічними методами. Крім того, профілювання мікробіоми може передбачати реакцію пацієнтів на імунотерапію та ймовірність розвитку GvHD. Збільшення впровадження молекулярного тестування має потенціал покращити результати у групах з високим ризиком.