Biopolym. Cell. 2026; 42(Special Issue):55.
Біомаркери та інструменти молекулярної діагностики захворювань
Інтегроване ПЛР, 16S рРНК та повне секвенування геному для діагностики інфекцій бойових ран і сепсису
1Філіппова Є. В., 1Ташевська Н. І., 1Перснова Л. К., 2Владимирець Б. О., 1Шчерба К. М.
  1. Лабораторний центр Дніпропетровської обідньої клінічної лікарні імені Мечникова
    пл. Соборна, 14, Дніпро, Україна, 49005
  2. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143

Abstract

Передумови. Інфекції бойових ран у військовослужбовців часто спричинені багаторезистентними грамнегативними речовинами, які можуть прогресувати у бактеріємію та сепсис, але культура недооцінює їхню справжню різноманітність. Ми поєднали мультиплексне ПЛР, профілювання 16S рРНК та WGS для картографування спектра патогенів від рани до крові та її резистому. Методи. Парні мазки з ран і зразки крові 37 поранених військових (2024—2025) були протестовані за допомогою мультиплексного ПЛР Seegene Magicplex Sepsis; Секвенування 16S рРНК було проведено на 88 зразках і WGS на 11 ізолятах (Ion Chef/Ion GeneStudio S5). Результати. ПЛР виявила 20 унікальних видів у ранах (8 грампозитивних, 9 грамнегативних, 3 грибкових з домінуванням резистентного грамнегативного), найпоширенішими були Klebsiella pneumoniae та K. oxytoca. Профілювання 16S виявило 42 роди з рани проти лише 16 після щеплення; більшість ран містили 1–4 домінантних таксонів, часто у вигляді супутніх інфекцій. Ідентифіковано п'ять основних родів — очікуваний K. pneumoniae, Acinetobacter baumannii та Pseudomonas aeruginosa, а також несподівано некультивований Elizabethkingia meningoseptica. Проникнення у кровотік (ізоляти ран) було високим у K. pneumoniae (93%), K. oxytoca (44%), Enterobacter cloacae та A. baumannii (41%), досягнувши 100% для Serratia marcescens і 92% для Escherichia coli та E. meningoseptica, тоді як три види ESKAPE (P. aeruginosa, S. aureus, E. feecium) залишаються з рестрикцією рани. E. meningoseptica природно стійкий до карбапенемів, цефалоспоринів, а колістін залишається невидимим без 16S. WGS характеризує карбапенеморезистентний K. pneumoniae (5 штамів; 52 гени/маркери резистентності, 9 плазмід; KPC, NDM, OXA-48), XDR A. baumannii ST-2 (OXA-23/-40/-58; 11 генів) та P. aeruginosa ST-2592, що виробляє MBL (32 гени; VIM/IMP/NDM; резистентність до колістину). Висновки. Інтегрована діагностика виявила ширшу та більш стійку мікробіоту рани, ніж культуру, виявила нові патогени, такі як Elizabethkingia meningoseptica, і кількісно оцінила перехід від рани до крові, що лежить в основі сепсису. Декілька карбапенемаз і мутацій, виявлених WGS, знаходяться поза ПЛР-панелями, доступними в Україні. Методи молекулярних сполук завдяки культурі сприяє передбачувачному, а не реактивному ведуванню, і може спрямовувати бактеріологію до пропущених коінфекційних сполук патогенів.
Keywords: сепсис, інфекція бойових ран, АНР, секвенування 16S рРНК, повне секвенування геному, секвенування наступного покоління