Biopolym. Cell. 2026; 42(Special Issue):56.
Біомаркери та інструменти молекулярної діагностики захворювань
Клінічно значущі зміни ДНК у зразках аденокарциноми товстої кишки в Україні: переваги та обмеження використання панелі "гарячих точок" секвенування наступного покоління
1Геращенко Г. В., 1Гульковський Р. В., 1Безверхий А. М., 1Мельничук Н. С., 1Манковська О. С., 2Роша Л. Г., 2Котуза А. С., 1Ткачук З. Ю., 1Кашуба В. І., 1Тукало М. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143
  2. Клінічна лікарня Феофанія Державного управління справами
    Вул. Академіка Заболотного, 21, Київ, Україна, 03143

Abstract

Мета. Метою дослідження було виявлення змін у клінічно значущих генних варіантах у зразках аденокарциноми товстої кишки українських пацієнти за допомогою панелі секвенування наступного покоління Ampliseq Hotspot Cancer Panel (HSCP) (ThermoFisher Scientific). Методи. У дослідженні взяли участь 98 вибірок українських пацієнтів віком від 38 до 87 років, які мали колоректальний рак (аденокарцинома) різних локацій і ступенів диференціації. Для виявлення клінічно значущих варіантів генів дані HSCP були проаналізовані за допомогою бази даних Franklin by Gennox. Результати. Загалом у 31 з 50 генів було виявлено 133 клінічно значущих (рівні 1-3, патогенні, ймовірні патогенні) зміни генних варіантів (SNV, INDELs). Рівень варіантів генів рівня 1-2 перевищував 50% усіх генетичних варіантів. Найбільша кількість різних типів мутацій рівня 1-2 була виявлена у APC, KRAS, PIK3CA, TP53 та NRAS (відповідно 25, 12, 9, 7 і 6). Згідно з онкогенною класифікацією, було виявлено 11 онкогенних варіантів Tier 1-2 та 15 онкогенних варіантів Tier 3. Серед клінічно значущих варіантів за даними VAF понад 50% ідентифікувалися як соматичні SNV (VAF < 10%) та Ймовірні Соматичні SNV (VAF 10–30%). Ймовірність появи зародкових SNV та INDELs становила приблизно 40%. Терапевтична релевантність для колоректального раку (A-D) була виявлена для 20 генетичних варіантів першого рівня — KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA. Тим часом терапевтична релевантність для колоректального раку на генному рівні також була виявлена для варіантів ACT1, APC, FBXW7, GNAS і SMAD4. Переваги HSCP полягають у тому, що він дозволяє виявляти клінічно значущі мутації соматичних захворювань у генах, визначених українським протоколом лікування раку товстої кишки. Крім того, він виявляє інші онкогенні мутації, які ще не включені до протоколів, але мають клінічне значення. Наявність мутацій зародкової лінії має бути підтверджена за допомогою ДНК нормальних клітин. Висновки. У зразках раку товстої кишки виявлено низку клінічно значущих генних варіантів, які є важливими для діагностики та лікування пацієнтів. Для додаткового підтвердження слід використати більше зразків і включити нові генні регіони для аналізу спадкового захворювання. Вплив мутацій та фармакологічна оцінка реакції на лікування при раку товстої кишки. Гранти/фінансування. Ця робота була підтримана грантом Національного дослідницького фонду України [номер гранту] 2021.01.0024] та грантом ІМБГ Фонд Сімонса для українських установ № SFI-PD-Ukraine-00017453.
Keywords: секвенування наступного покоління, клінічно значущі варіанти генів, аденокарцинома товстої кишки, панель "гарячих точок"