Biopolym. Cell. 2026; 42(Special Issue):96.
Біомаркери та інструменти молекулярної діагностики захворювань
Архітектура комутації нерезектованої шкірної меланоми: парний аналіз секвенування наступного покоління показує ексклюзивність BRAF-KRAS та співвиникнення FLT3-TP53
1, 2Владимирець Б. О., 1Гульковський Р. В., 1Геращенко Г. В., 1Безверхий А. М., 1Мельнічук Н. С., 1Манковська О. С., 1Марчишак Т. В., 1Демидова Г. С., 3Кротевич М. С., 3Трохимич С. С., 3Рубан О. В., 1Ткачук З. Ю., 1Тукало М. А., 1Кашуба В. І.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143
  2. Київський національний університет імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64, Київ, Україна, 01601
  3. Національний інститут раку
    вул. Юлії Здановської, 33/43, Київ, Україна, 03022

Abstract

Передумови. Повідомлення про мутації соматичних драйверів у нерезектованій шкірній меланомі зазвичай зосереджені на окремих генах, залишаючи недосліджені закономірності співіснування та взаємної виключності. У цьому дослідженні розглядалися парні патерни перемикання генів у даних секвенування наступного покоління з 27 українських випадків нерезектованої меланоми. Методи. Ми створили бінарну систему матриці змін зразка генів за допомогою панелі Custom Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel для 24 генів, знайдених щонайменше у 3 із 27 зразків. Ми протестували 300 пар генів на співіснування та ексклюзивність за допомогою точного тесту Фішера та розраховані ймовірностні шанси (OR). Результати. Зміни між BRAF і KRAS майже завжди були взаємовиключними: лише 1 із 10 BRAF-позитивних зразків також був позитивним на KRAS, порівняно з 8 KRAS-позитивними зразками загалом (OR = 0.16, p = 0.19). Це відображає відомий антагонізм у шляху RAS/RAF, хоча розмір вибірки невеликий. Зразки мутації KRAS не відповідали змінам у PDGFRA, PIK3CA, SMAD4, APC, KDR або GNAS (0 з 8 пар), що свідчить про те, що пухлини, індуковані KRAS, можуть бути генетично простішими і мати менше додаткових мутацій. Натомість усі зразки з мутацією FLT3 (6/6) також мали мутації TP53 (p=0.054), що є найсильнішою сумісністю. Це свідчить про те, що зміни FLT3 зазвичай проявляються у пухлинах, які вже мають мутації TP53. BRAF і PDGFRA зустрічалися разом частіше, ніж очікувалося випадково (5 із 10 зразків із позитивним результатом BRAF також були позитивними на PDGFRA, OR = 16, p = 0.015), що може свідчити про кооперуючі відносини між цими генами. Деякі пари генів (FGFR3-RB1, SMAD4-STK11, SMARCB1-ATM, SMARCB1-KIT, ABL1-NOTCH1) завжди співіснували у малих групах (n = 3 кожна), але ці результати статистично нестабільні і потребують подальшої перевірки. Більшість пар, які використовують TP53, BRAF або PIK3CA з іншими зміненими генами, не виявили значущих асоціацій, що відповідає переважно незалежному розподілу пасажир-рівнів варіантів Tier 2–3 у цій невеликій групі. Висновки. Аналіз пар генів виявляє значущі закономірності щодо неправильних звітів про один ген, наприклад, взаємну ексклюзивність BRAF-KRAS, зміни FLT3, пов'язані з мутаціями TP53, і групу, керовану KRAS, з меншою кількістю комутацій. Ці результати потрібно підтвердити у більших дослідженнях меланоми.
Keywords: меланома, секвенування наступного покоління, ко-мутація, взаємна виключність