Biopolym. Cell. 2026; 42(Special Issue):96.
Біомаркери та інструменти молекулярної діагностики захворювань
Архітектура комутації нерезектованої шкірної меланоми: парний аналіз секвенування наступного покоління показує ексклюзивність BRAF-KRAS та співвиникнення FLT3-TP53
- Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143 - Київський національний університет імені Тараса Шевченка
вул. Володимирська, 64, Київ, Україна, 01601 - Національний інститут раку
вул. Юлії Здановської, 33/43, Київ, Україна, 03022
Abstract
Передумови. Повідомлення про мутації соматичних драйверів у нерезектованій шкірній меланомі зазвичай зосереджені на окремих генах, залишаючи недосліджені закономірності співіснування та взаємної виключності. У цьому дослідженні розглядалися парні патерни перемикання генів у даних секвенування наступного покоління з 27 українських випадків нерезектованої меланоми. Методи. Ми створили бінарну систему матриці змін зразка генів за допомогою панелі Custom Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel для 24 генів, знайдених щонайменше у 3 із 27 зразків. Ми протестували 300 пар генів на співіснування та ексклюзивність за допомогою точного тесту Фішера та розраховані ймовірностні шанси (OR). Результати. Зміни між BRAF і KRAS майже завжди були взаємовиключними: лише 1 із 10 BRAF-позитивних зразків також був позитивним на KRAS, порівняно з 8 KRAS-позитивними зразками загалом (OR = 0.16, p = 0.19). Це відображає відомий антагонізм у шляху RAS/RAF, хоча розмір вибірки невеликий. Зразки мутації KRAS не відповідали змінам у PDGFRA, PIK3CA, SMAD4, APC, KDR або GNAS (0 з 8 пар), що свідчить про те, що пухлини, індуковані KRAS, можуть бути генетично простішими і мати менше додаткових мутацій. Натомість усі зразки з мутацією FLT3 (6/6) також мали мутації TP53 (p=0.054), що є найсильнішою сумісністю. Це свідчить про те, що зміни FLT3 зазвичай проявляються у пухлинах, які вже мають мутації TP53. BRAF і PDGFRA зустрічалися разом частіше, ніж очікувалося випадково (5 із 10 зразків із позитивним результатом BRAF також були позитивними на PDGFRA, OR = 16, p = 0.015), що може свідчити про кооперуючі відносини між цими генами. Деякі пари генів (FGFR3-RB1, SMAD4-STK11, SMARCB1-ATM, SMARCB1-KIT, ABL1-NOTCH1) завжди співіснували у малих групах (n = 3 кожна), але ці результати статистично нестабільні і потребують подальшої перевірки. Більшість пар, які використовують TP53, BRAF або PIK3CA з іншими зміненими генами, не виявили значущих асоціацій, що відповідає переважно незалежному розподілу пасажир-рівнів варіантів Tier 2–3 у цій невеликій групі. Висновки. Аналіз пар генів виявляє значущі закономірності щодо неправильних звітів про один ген, наприклад, взаємну ексклюзивність BRAF-KRAS, зміни FLT3, пов'язані з мутаціями TP53, і групу, керовану KRAS, з меншою кількістю комутацій. Ці результати потрібно підтвердити у більших дослідженнях меланоми.
Keywords: меланома, секвенування наступного покоління, ко-мутація, взаємна виключність
Повний текст: (PDF, англійською)
