Biopolym. Cell. 2026; 42(Special Issue):118.
Інші трансляційні дослідження
Відкриття хінолінових лігандів CRBN та їх застосування у розробці PROTAC
- ТОВ Енамін
вул. Вінстона Черчилля, 78, Київ, Україна, 02094 - Київський національний університет імені Тараса Шевченка
вул. Володимирська, 64, Київ, Україна, 01601
Abstract
Передумови/Мета. Застосування лігандів CRBN у проєктуванні деградаторів є одним із найвідоміших підходів під час розробки та оптимізації PROTAC [1]. Ця робота спрямована на дослідження ефективності синтезованих PROTAC CRBN:BRD4 з кіноліно-типом зв'язувачів як бойових частин, спрямованих на лігазу CRBN E3. Методи. Аналіз TR-FRET використовувався для оцінки зв'язування лігандів і біфункціональних деградаторів із білком CRBN. Формація тернарного комплексу між зацікавленим білком (POI), PROTAC та E3-лігазою, було оцінено за допомогою розробленого методу TCF TR-FRET [2]. Результати. Сполуки типу хіноліну були відібрані під час віртуального скринінгу та протестовані на здатність зв'язуватися з CRBN in vitro. Три потужні молекули продемонстрували значення IC50 1. 2 μM, 2.4 μM і 3.5 μM у тесті зміщення TR-FRET. Набір із 9 деградаторів PROTAC, заснованих на лігандах типу CRBN-типу хіноліну, було синтезовано хімічним відділом Enamine. Фермент BRD4 був обраний як POI, а його відомий зв'язуючий агент, JQ-1, слугує бойовою частиною конструкції деградатора. Синтезовані PROTAC тестувалися у бінарному тесті TR-FRET, у якому спостерігалося конкурентне зв'язування з комплексом CRBN/DDB1 з тестовим зразком частотою 1,11 мкм (n = 4) та Талідомідним зондом. Внаслідок цього 2 з 9 протестованих деградаторів зв'язували комплекс CRBN/DDB1 з інгібіторними значеннями >25% при зазначеній концентрації. Далі два обрані PROTAC були розглянуті та протестовані у дозовій відповіді на здатність утворювати тернарний комплекс між CRBN/DDB1 і BRD4 (домен BD1) за допомогою біохімічного тесту TCF TR-FRET. Відомий деградор dBET1 використовувався як контрольний аналіз. Значення EC50 для двох протестованих PROTAC були нижчими за 35 nM. Варто зазначити, що PROTAC 1a продемонстрував EC50 та ECmax нижчі за показники референтної сполуки dBET1: 14 nM проти 31 nM і 285 проти 370 nM відповідно. Висновки. Згідно з аналізом формування тригемінального комплексу, синтезований PROTAC 1a є кращим за інструментальну сполуку на основі глутариміду dBET1, що свідчить про те, що хінолінова частина бойової частини CRBN є новим і потужним підходом до розробки PROTAC.
Keywords: PROTAC, CRBN, формація тернарного комплексу, dBET1
Повний текст: (PDF, англійською)
